Le MDRP avait pour mission d'apporter un appui aux gouvernements de la région élargie des Grands Lacs qui souhaitaient formuler et exécuter un programme national de démobilisation et de réintégration. Une fois qu'une demande d'assistance de la part d'un gouvernement était acceptée, les autorités nationales et les diverses parties prenantes préparaient un programme national avec l'appui et la supervision des bailleurs intéressés et des organisations partenaires.

Le MDRP a pu ainsi soutenir près de 300 000 ex-combattants, un succès remarquable si l'on considère l'environnement et les conditions difficiles de la région.

La composition d'un programme national de démobilisation et de réintégration a varié selon les circonstances du conflit en question, le profil socio-économique des ex-combattants et les conditions sur le terrain. En général, un programme national incluait les composantes suivantes :

Les mesures de prévention et d'atténuation du VIH/SIDA ont souvent été inclues aussi bien pendant la phase de démobilisation qu'au cours de la réintégration. Les programmes nationaux pouvaient également répondre aux besoins multidisciplinaires de groupes spécifiques tels que les femmes et les personnes handicappées.